Στον τομέα της μεταποίησης η εταιρεία δραστηριοποιείται στην εγκατάσταση και υποστήριξη συστημάτων διαχείρισης βάσει διεθνών προτύπων. Συγκεκριμένα επικεντρώνεται στην υποστήριξη συστημάτων διαχείρισης ασφάλειας τροφίμων κατά ISO 22000, συστημάτων ιχνηλασιμότητας κατά ISO 22005 και στα συστήματα περιβαλλοντικής διαχείρισης κατά ISO 14001. 

Κατά τη διάρκεια υλοποίησης των επιχειρησιακών προγραμμάτων ο AGRENAOS ανέπτυξε επιτυχώς τα παρακάτω συστήματα:

– Σύστημα Διαχείρισης Ασφάλειας Τροφίμων (ISO 22000:2018) στο ελαιοτριβείο των ΟΕΦ ΑΕΣ Μουζακίου Τριφυλίας, ΑΕΣ Αμπελοφύτου και ΑΣ Αγίας Παρασκευής
– Σύστημα Ιχνηλασιμότητας (ISO 22005:2007) στα ελαιοτριβεία των ΟΕΦ ΑΕΣ Μουζακίου, ΑΕΣ Αμπελοφύτου και ΑΣ Αγίας Παρασκευής και στο τυποποιητήριο της ΟΕΦ ΑΕΣ Νηλέα